El 23 de mayo de 1618 se produjo la defenestración de Praga, que daría comienzo a la Guerra de los Treinta Años. En 1619 los radicales calvinistas causaron grandes desperfectos en la catedral que tuvo que volver a consagrarse en febrero de 1621, después de la derrota checa en la batalla de la Montaña Blanca. Gaspar Bechteler talló los relieves de madera que commemoran la defenestración y sus consecuencias. En 1644 Leopoldo Guillem, obispo de Olomue, hizo restaurar un candelabro románico de la capìlla de San Juan Bautista que, supuestamente, procedía del Templo de Jerusalén. Con la llegada del barroco, el emperador Leopoldo I de Habsburgo colocó la primera piedra de una nave diseñada por Giovanni Domenico Orsi, pero las obras tuvieron que interrumpirse en 1675 por falta de presupuesto. De la misma forma fracasó el proyecto de Johann F. Schor. De esta época datan las estatuas de los santos patronos checos que hay en la capilla de San Juan de Nepomuceno, obra de Rinaldo Ranzoni, el retablo de San Segismundo de Frantisek Weis y la tumba de San Juan de Nepomuceno, obra maestra de Antonio Corradini. En 1844, Václav M. Pesina pidió que se acabara la catedral, hecho que no ocurriría hasta 1839 al constituirse una Sociedad que se interesó en ello. En 1862 Josef’O Kranner empezó los trabajos restaurando el presbiterio del que eliminó gran parte de los añadidos barrocos. Con motivo del retorno a Praga de las Joyas de la Corona Checa, se reformó la Cámara de la Corona; paralelamente se finalizaron las obras de la bóveda principal y de la fachada Oeste. El 28 de diciembre de 1929 se abrió al público la catedral totalmente acabada. Estancias Fachada Oeste De estilo neogótico fue la primera que se terminó. Está decorada con estatuas de catorce santos, la del rey Carlos IV y una de sus arquitectos. Los portalones de bronce realizados por Otakar Sapniel, se cosntruyeron en 1927. En total son tres puertas: en el central se halla representada la construcción de la catedral, en el de la derecha: la vida de San Adalberto y en la de la izquierda que, desde 1929 es la fachada principal, la vida de San Wenceslao. El rosetón fue diseñado por Frantisek Kysela en 1928, y representa la Creación.

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